Papež Pij IX. je v jubilejnem letu 1875 vesoljno Cerkev posvetil Srcu Jezusovemu in istega leta je bila Srcu Jezusovemu posvečena tudi ljubljanska škofija.
Septembra 1879 so v Ljubljano prišli misijonarji lazaristi. Februarja leta 1881 so sklenili sezidati novo cerkev. Ljubljanski škof dr. Janez Zlatoust Pogačar je načrt podprl – v svoji škofiji je namreč želel imeti cerkev, posvečeno Srcu Jezusovemu. Temeljni kamen za novo cerkev so položili 10. maja 1881, 14. maja 1881 pa ga je škof Pogačar blagoslovil. 24. junija 1881 so z delom pričeli zidarji. Pomladi leta 1883 so cerkev obokali, jo prekrili s skrilnato streho in nad pročeljem pritrdili kamniti stolpiček.
1. julija 1883, na praznik Svete Rešnje Krvi, je škof Pogačar cerkev posvetil. Še istega leta, kmalu po posvetitvi, je bila postavljena deset metrov dolga obhajilna miza, nameščene so bile hrastove klopi, zasilna stranska oltarja in dve spovednici. Ob koncu leta 1883 je bil dograjen zvonik in 1. januarja 1884 so nanj pritrdili zlato jabolko z visokim križem. Največ notranje opreme je prispeval Mayerjev »Zavod za izdelavo cerkvene opreme« iz Münchna.
Marca 1884 je bil urejen Božji grob, 21. decembra pa so zadoneli štirje novi zvonovi. Blagoslovil jih je Pogačarjev naslednik dr. Jakob Missia, kar je bilo njegovo prvo škofovsko opravilo po ustoličenju. Poleg vhoda v cerkev so v spomin na prvi štirinajstdnevni misijon postavili veliko razpelo s 192 centimetrov visoko podobo Križanega.
Poslikava cerkve je bila prvič obnovljena že leta 1895; delo so opravili akademski slikar Simon Ogrin z Vrhnike, ljubljanski slikar Anton Jebačin in pleskar Baraga.
Po načrtih arhitekta Jožeta Marinka je bil leta 1975 preurejen prezbiterij v skladu z novimi liturgičnimi smernicami.
